Este concepto se encuentra establecido en la Ley del Impuesto Sobre la Renta (LISR)  y podemos considerar que se ha implementado para permitir que determinadas personas físicas puedan cumplir con la determinación y entero (pago) del Impuesto Sobre la Renta a su cargo de una forma más sencilla e incluso puede darse el caso que hasta mas económica, dependiendo del monto gravable.
Independientemente de que el artículo 110 de la referida LISR establece diversos casos en los que se puede utilizar esta figura de asimilar a salarios los ingresos que percibe una persona física, a continuación me permito comentar los dos principales casos:

1. El primer caso en el que los ingresos de una persona física se asimilan a salarios es por obligación, es decir, ni siquiera es una opción, sino que al cumplirse las siguientes condiciones se debe obtener el Impuesto Sobre la Renta mediante el procedimiento de determinación de los ingresos por salarios, las condiciones a cumplir son:
a. Que se trate de prestación de servicios personales independientes (honorarios)
b. Que en el año anterior el prestador haya otorgado preponderantemente servicios a su prestatario (cliente que recibe los servicios), y se entiende que existe preponderancia cuando más del 50% de los ingresos de la persona física los recibió de un mismo prestatario (cliente) , por lo que en este caso el prestatario es el que está obligado a partir del primer pago del siguiente año a determinar el ISR de la persona física que le presta servicios con base en la mecánica de cálculo del ISR de los salarios .
c. Que los servicios de la persona física se hayan prestado en el domicilio del prestatario (cliente).

2. El segundo caso es por opción o conveniencia, es decir, una persona física que preste servicios personales independientes puede solicitar a su o a sus clientes (prestatario) que cuando le efectúen pagos por sus servicios (honorarios) en lugar de hacer la retención que tradicionalmente es en este caso del 10% para efectos del ISR, le calculen el ISR con base en la mecánica de cálculo del ISR de los salarios2.
Entonces como conclusión hasta el momento nos debe quedar claro con base en el análisis de los dos primeros elementos de una contribución que para el tratamiento de los asimilados a salarios:

El objeto  es debido a la relación que existe entre una persona física que presta un servicio personal independiente a otra persona (física o moral) que recibe los servicios.
El sujeto es la persona física que presta servicios personales independientes (honorarios).
Calculo:
A continuación vamos a identificar el procedimiento o mecánica de cálculo del ISR y para ellos como su nombre lo indica, lo único que tenemos que hacer el calcular el ISR con base en el artículo 113 de la LISR como se observa a continuación.

Ingreso gravable
Menos:   Límite inferior
Igual:  Excedente sobre el límite inferior
Por:  % correspondiente para el excedente
Igual :  Impuesto previo por el excedente
Mas:  Cuota fija correspondiente
Igual:   ISR a retener correspondiente

En este caso por tratarse de ingresos que por su naturaleza no son de salarios, no se tiene derecho a restar del ISR lo correspondiente a Subsidio al Empleo, es decir el ISR determinado es directo

Esto nos permite identificar los siguientes elementos de las contribuciones de acuerdo a la teoría:

La base, será siempre el total del ingreso recibido por los servicios personales independientes y no se tendría derecho a ninguna exención .

La tasa o tarifa, en este caso como se ha establecido, la tabla del artículo 113 de la LISR es la que contiene en este caso tanto la tasa (% sobre el excedente del límite inferior) y la tarifa sería la cuota fija correspondiente.

A continuación un ejemplo con números:

La empresa “La conocida SA de CV” va a realizar el pago a un Ingeniero por concepto de una asesoría realizada, por lo que se procederá a calcular el ISR a retenerle antes de realizarle el pago referido conforme al siguiente procedimiento:

Importe a pagar por concepto de Honorarios $ 5,000.00 (Cinco mil pesos 00/100 M.N.)
Este monto será el única pago que se le efectuara durante el mes respectivo, (en caso de que esta se le lleguen a realizar más pagos dentro de un mismo mes deberá acumularlos para obtener la base gravable sobre el total por lo que es recomendable que si sabemos el monto final dentro de un mes que un cliente (prestatario) le pagará al prestador se deberá acumular todo el ingreso).

Calculo de Base Gravable tratándose de Asimilados a Salarios     
     
Prestador: Pedro Pérez    
Importe de Honorarios a pagar:   $5,000.00   
Para efectos del cálculo estamos usando montos y tablas mensuales:     
DATOS GENERALES     MONTOS
1 TOTAL DE PERCEPCIONES    $5,000.00
2 PERCEPCIONES EXCENTAS    $        0.00  
3 (1 - 2) INGRESO GRAVABLE     $5,000.00
     
DETERMINACIÓN DE IMPUESTO ANTES DE SUBSIDIO     
4   (3) BASE GRAVABLE      $5,000.00
5 TABLA IMPTO LIMITE INFERIOR    $4,210.42
6 (4 - 5) EXCEDENTE SOBRE LIMITE INFERIOR             $789.58
7 TABLA IMPTO % APLICABLE SOBRE EL EXCEDENTE       10.88%
8(6 X 7) IMPUESTO MARGINAL            $85.91
9 TABLA IMPTO CUOTA FIJA         $247.23
10(8+9) IMPUESTO OBTENIDO           $333.14
* No se aplica tabla tarifa de Subsidio al Empleo para Asimilados a Salarios     
       ISR A RETENER   $333.14

Beneficios:
Por último es necesario comentar lo respectivo a la documentación comprobatoria, ya que en este caso será una ventaja sobre todo para la persona física que presta los servicios personales independientes, en virtud de que no deberá entregar un comprobante que deba reunir todos los requisitos fiscales que conocemos  (normalmente tratándose de servicios personales independientes lo que entrega es un recibo de Honorarios). En sustitución deberá entregar un Recibo Simple, en el cual se obligará a contener únicamente los datos necesarios y suficientes para identificar tanto al prestador como al prestatario, el monto de los honorarios recibidos, el importe del ISR determinado y el neto respectivo, asimismo deberá hacer referencia de que se ha calculado el ISR con base en lo establecido en el artículo 110 de la LISR y en su caso señalar la fracción correspondiente para identificar qué tipo de asimilados a salarios es el que está aplicando . Al final de este documento presentamos nuestros formatos recomendados tanto para la elaboración del recibo simple, como el formato de carta de solicitud establecido en la Ley del ISR para formalizar la opción de asimilar a salarios los ingresos por la prestación de un servicio personal independiente.

¡Cuidado! Con el IVA
Y por otra parte con respecto al Impuesto al Valor Agregado, al tratarse de honorarios asimilados a salarios se deja de tener la obligación de este impuesto, por lo que es necesario tener cuidado en el caso de asimilados a salarios por obligación ya que al estar en ese supuesto y haber continuado con recibos normales de honorarios se considerará incorrecto tanto el ISR (retenido y enterado) así como en su caso el acreditamiento del IVA que haga el cliente sería legalmente improcedente.

Para terminar
De igual forma el mismo artículo 110 de la LISR establece en su fracción VI, que la opción de asimilar a salarios los ingresos también es aplicable tratándose de personas físicas con actividades empresariales, es decir, que en lugar de entregar una factura por ejemplo por la venta de papelería, para efectos del ISR la persona física (proveedor de la papelería) tiene la opción de solicitarle a su cliente que le realice la mecánica y comprobación mediante esta figura de asimilables a salarios.

Notas:
1  Se establece que se asimilaran a salarios los conceptos enumerados en las fracciones del artículo 110 de la LISR
2  El procedimiento de cálculo es únicamente aplicando la tabla del artículo 113 de la LISR, ya que de la interpretación de este procedimiento, los asimilados a salarios no tienen derecho al Subsidio al Empleo y esto es congruente debido a que no se trata de pago de salarios.
3  De las establecidas en el artículo 109 de la LISR para los salarios.
4  Requisitos de los comprobantes fiscales Art. 29 Código Fiscal de la Federación (CFF).
5  Regla I.2.4.3 Resolución Miscelánea Fiscal 2009, Fracción IV, Casos en lo que no se requiere expedir comprobante fiscal por impresor autorizado de acuerdo al art. 29 CFF.

Formato de Comprobante Simple para Asimilados a Salarios

Recibí de Resultados Médicos Desarrollo e Investigación  S.C., con R.F.C. RMD0303317G6 y domicilio fiscal en Blvd. Valle de San Javer no. 112, Fracc. Valle de San Javier, Pachuca, Hgo, C.P. 42086, el importe neto de $6,753.76 (Seis mil setecientos cincuenta y tres pesos 76/100 M.N.) correspondientes a la prestación de HONORARIOS COMITÉ DE ÉTICA PROTOCOLO 1218.56, Mismos que de conformidad con el artículo 110 frac. V  de la ley del I. S. R. serán tratados como ingresos del Capítulo I del Título IV de la Ley del I. S. R. y por los que se aplica la retención de conformidad con los artículos 113.

Honorarios $7,341.67
Retención de I. S. R.  $ 587.91
Importe Neto   $6,753.76
Pachuca de Soto, Hgo, a; 5 de abril de 2010
Recibió:
Nombre: NAJERA ISLAS BENJAMIN
R. F. C.:  NAIB591119LL9
CURP: NAIB591119HHGJSN01
Domicilio: Malaquita No. 141 Esq. Blvd. Constituyentes Fracc. Punta Azul, Pachuca

(se firma por duplicado)

Formato de Carta Solicitud para Asimilados a Salarios

Para el caso de personas que opten por que se les determine el ISR a retener mediante la figura de asimilados a salarios a continuación me permito presentar el formato de carta solicitud para cubrir el requisitos establecido en el art. 110 de la LISR en cuanto a la solicitud a que se refiere.
Pachuca, Hgo. ____________________ 20__.
Nombre o Razón Social del Prestatario
Nombre del Representante Legal
Presente

Por medio de la presente me permito enviarle un cordial saludo y al mismo tiempo para solicitarle atentamente con relación al pago de honorarios que esta empresa tiene que efectuarme por concepto de _____________________________, y por así convenir a mis intereses, sea tan amable de retenerme el Impuesto Sobre la Renta con base en lo establecido en la fracción V del artículo 110 de la Ley del Impuesto Sobre la Renta.

Esta opción establecida en la referida ley, me permite entregarle por el pago respectivo un recibo simple (como comprobante fiscal) conforme a las facilidades administrativas establecidas y vigentes en la resolución miscelánea fiscal.

A continuación le doy a conocer mis datos generales para la elaboración del recibo simple correspondiente y los datos para el pago respectivo:
Nombre completo: ________________________
Domicilio Fiscal: ___________________________
RFC: ___________________ CURP: ________________________
Banco: _________________
CLABE (indispensable para transferencia electrónica de Fondos): ____________________

Sin más por el momento agradezco la su apoyo y quedo de usted.

Atentamente,

(Nombre y Firma del Prestador del Servicio)